komput@si lihat situs sponsor
        ISSN 2086-5317 Sabtu, 23 September 2017  
 
  LIPI
depan
database
database
artikel
kegiatan
situs
info
publikasi
e-data
buku
kontak
  Artikel-artikel populer :
» daftar artikel

Blast it..!!: Kimia Komputasi
Fahmi Mohammad Taufiq

Dewasa ini, eksperimen komputer memainkan peranan yang sangat penting dalam perkembangan sains. Pada masa lalu, sains ditunjukkan oleh kaitan antara eksperimen dan teori. Dalam eksperimen, sistem yang dipelajari diukur dengan peralatan eksperimen dan hasilnya dinyatakan dalam bentuk numerik. Dalam teori, model suatu sistem pada umumnya disusun dalam bentuk himpunan persamaan matematik. Dalam banyak hal, pemodelan diikuti oleh penyederhanaan permasalahan dalam rangka menghindari kompleksitas perhitungan, sehingga sering aplikasi dari model teoritis ini tidak dapat menjelaskan bentuk riil dari sistem makroskopis, seperti sistem larutan, protein dll.

Perkembangan komputasi yang sangat pesat -dimulai pada tahun 1950- telah mengubah diskripsi suatu sistem kimia dengan masuknya unsur baru diantara eksperimen dan teori yaitu eksperimen komputer (Computer Experiment). Dalam eksperimen komputer, model masih tetap menggunakan hasil dari pakar kimia teoritis, tetapi perhitungan dilakukan dengan komputer berdasar atas suatu "resep" (algoritma yang dituliskan dalam bahasa pemrograman). Keuntungan dari metoda ini adalah dimungkinkannya menghitung sifat molekul yang kompleks dan hasil perhitungannya berkorelasi secara signifikan dengan eksperimen.

Perkembangan eksperimen komputer mengubah secara substansial hubungan tradisional antara teori dan eksperimen. Simulasi komputer membutuhkan suatu metoda yang akurat dalam memodelkan sistem yang dikaji. Simulasi sering dapat dilakukan dengan kondisi yang sangat mirip dengan eksperimen sehingga hasil perhitungan kimia komputasi dapat dibandingkan secara langsung dengan eksperimen. Jika hal ini terjadi, maka simulasi bersifat sebagai alat yang sangat berguna, bukan hanya untuk memahami dan menginterpretasi data eksperimen dalam tingkat mikroskopik, tetapi juga dapat mengkaji bagian yang tidak dapat dijangkau secara eksperimen, seperti reaksi pada kondisi tekanan yang sangat tinggi atau reaksi yang melibatkan gas berbahaya.

Penelitian kimia dengan alat komputer pada era 1950-an dimulai dengan kajian hubungan struktur kimia dengan aktivitas fisiologi dari senyawa. Salah satu ahli kimia yang berjasa besar dalam bidang ini adalah John Pople yang berhasil mengkonversi teori-teori fisika dan matematika ke dalam kimia melalui program komputer. Metode kimia komputasi memungkinkan para kimiawan melakukan penentuan struktur dan sifat suatu sistem kimia dengan cepat. Bidang yang sangat terbantu dengan berkembang kimia komputasi adalah bidang kristalografi.

Dua peneliti dalam bidang kimia komputasi telah memenangkan hadiah Nobel bidang sains pada tahun 1998 yaitu Walter Kohn dengan teori fungsional kerapatan (Density Functional Theory, DFT) dan John A. Pople yang telah berjasa dalam mengembangkan metoda komputasi dalam kimia kuantum. Mereka telah memberi peluang para kimiawan mempelajari sifat molekul dan interaksi antar molekul. John Pople telah mengembangkan kimia kuantum sebagai suatu metoda yang dapat digunakan oleh hampir semua bidang kimia dan membawa kimia ke dalam era baru yaitu eksperimen dan teori dapat bekerja bersama dalam mengekplorasi sifat sistem molekular. Salah satu produk program komputasi kimia yang dihasilkan oleh Pople adalah GAUSSIAN.

Tahun belakangan ini dapat dilihat kenaikan jumlah orang yang bekerja pada kimia teori. Kebanyakan pendatang baru ini adalah teoretikus kerja paruh waktu yaitu mereka yang sudah bekerja pada bidang kimia selain kimia teori. Kenaikan jumlah peneliti di bidang kimia teori ini ditunjang oleh perkembangan kemampuan komputer dan perangkat lunak yang semakin mudah digunakan. Hal ini menyebabkan banyak orang melakukan pekerjaan di bidang kimia komputasi, walaupun tanpa mempunyai pengetahuan cukup tentang bagaimana perhitungan kimia itu dijalankan oleh komputer. Sebagai hasilnya, banyak orang yang tidak mengetahui –bahkan penjelasan yang sangat mendasar sekalipun- tentang bagaimana perhitungan dijalankan sehingga pekerjaan yang dihasilkan dapat merupakan hasil yang sesungguhnya atau hanya berupa “sampah”.

METODA KIMIA KOMPUTASI

Istilah kimia teori didefinikan sebagai diskripsi secara matematika dari ilmu kimia. Istilah kimia komputasi selalu digunakan jika metoda matematika disusun agar dapat dijalankan secara otomatis oleh komputer. Perlu dicatat bahwa kata “eksak” dan “sempurna” tidak muncul dalam definisi kimia komputasi. Sangat sedikit aspek kimia yang dapat diselesaikan secara eksak. Hampir setiap aspek kimia dijelaskan secara kualitatif atau kuantitatif melalui prosedur pendekatan komputasi. Pernyataan yang tidak boleh dibuat oleh kimiawan komputasi adalah asumsi bahwa setiap angka terhitung adalah eksak. Hal yang perlu dicatat adalah perhitungan kualitatif atau pendekatan kuantitatif baru dapat memberikan pengetahuan yang berguna dalam kimia kalau kita dapat menjabarkan suatu sifat fisika atau kimia suatu senyawa dari data yang terhitung dari kimia komputasi.

  1. AB INITIO

    Istilah “ab initio” berasal dari bahasa latin yang diberikan untuk menandai perhitungan yang diturunkan secara langsung dari prinsip-prinsip teoritis, tanpa memasukkan data eksperimen. Ab initio mengacu pada perhitungan mekanika kuantum melalui beberapa pendekatan matematis, seperti penggunaan persamaan yang disederhanakan (Born-Oppenheimer approximation) atau pendekatan untuk penyelesaian persamaan differensial. Tipe yang paling terkenal dari metoda ab initio adalah perhitungan Hartree-Fock (HF) dengan metoda pendekatan medan pusat (central field approximation). Ini berarti bahwa tolakan Coulombik antar elektron tidak secara spesifik dimasukkan dalam perhitungan, tetapi efek total interaksi korelasinya dimasukkan dalam perhitungan sebagai suatu besaran konstant. Metoda ini merupakan perhitungan variasional, yang berarti bahwa energi pendekatan terhitung adalah sama atau lebih tinggi daripada energi eksaknya. Dengan menggunakan pendekatan medan pusat ini, energi yang diperoleh dengan perhitungan HF selalu lebih tinggi daripada energi eksak dan cenderung pada harga limit tertentu yang dinamakan HF limit.

    Pendekatan kedua dari perhitungan HF adalah fungsi gelombang harus digambarkan dengan beberapa bentuk fungsi, yang sebenarnya hanya dapat dihitung secara pasti untuk beberapa sistem yang mengandung satu elektron. Fungsi yang digunakan sering sekali merupakan kombinasi linear dari orbital tipe Slater exp(- x) atau orbital tipe Gaussian exp(- x2), yang sering disingkat STO atau GTO. Fungsi gelombang tersusun atas kombinasi linear dari orbital atom, atau yang lebih sering terjadi adalah merupakan kombinasi linear dari himpunan fungsi (basis functions). Dengan pendekatan ini, banyak perhitungan HF memberikan hasil energi terhitung lebih besar dari HF limit. Himpunan basis (basis set) yang digunakan sering dinyatakan dengan singkatan, seperti STO-3G atau 6-31++G*. Sejumlah tipe perhitungan dimulai dengan perhitungan HF kemudian dikoreksi dengan memasukkan term tolakan antar elektron, yang diistilahkan dengan efek korelasi (correlation effect). Beberapa contoh dari metoda ini adalah teori perturbasi Moeler-Plesset (MPn, n menyatakan tingkat koreksi), Ikatan Valensi Tergeneralisasi (Generalized Valence Bond, GVB), Medan Keajekan Diri Multi-Konfigurasi (Multi-Configurations Self Consisten Field, MC-SCF), Interaksi Konfigurasi (Configuration Interaction, CI), dan Coupled Cluster Theory, CC. Sebagai suatu kelompok, metoda tersebut dikenal dengan perhitungan terkorelasi atau Post-SCF. Metoda yang dapat mengatasi terjadinya kesalahan perhitungan HF dalam suatu molekul dinamakan Monte Carlo Kuantum (Quantum Monte Carlo, QMC). Ada beberapa macam QMC, misalnya fungsi variasional, diffusi dan Green. Metoda ini bekerja dengan fungsi gelombang terkorelasi secara ekplisit dan evaluasi integral numerik menggunakan integrasi Monte Carlo. Perhitungan ini memerlukan waktu yang panjang, tetapi perlu diingat bahwa metoda ini merupakan metoda yang paling akurat yang diketahui sekarang. Metoda ab initio alternatif yang berkembang pesat pada dekade ini adalah teori fungsional kerapatan (Density Functional Theory, DFT). Dalam DFT, total energi dinyatakan dalam term kerapatan elektron total, bukan sebagai fungsi gelombang. Dalam jenis perhitungan ini, terdapat pendekatan hamiltonian dan pendekatan pernyataan untuk kerapatan elektron total. Sisi baik dari metoda ab initio adalah metoda ini menghasilkan perhitungan yang pada umumnya mendekati penyelesaian eksak karena semua jenis pendekatan yang telah dibuat dapat dianggap cukup kecil secara numerik relatif terhadap penyelesaian eksaknya. Sisi buruk dari metoda ab initio adalah mereka merupakan metoda yang “mahal”. Metoda ini memerlukan kapasitas yang besar pada waktu operasi CPU komputer, memori dan ruang penyimpanan (disk). Metoda HF memerlukan waktu berbanding lurus dengan N pangkat 4, N adalah fungsi basis, sehingga perhitungan akan berlipat 16 kali jika fungsi basis yang digunakan dua kali lebih besar. Dalam prakteknya, penyelesaian yang akurat sekali hanya akan diperoleh jika molekul mengandung hanya beberapa puluh elektron. Secara umum, perhitungan ab initio memberikan hasil kualitatif yang sangat baik dan dapat memberikan kenaikan keakuratan hasil kuantitatif jika molekul yang dikaji semakin kecil.

  2. SEMIEMPIRIS

    Perhitungan semiempiris disusun dengan cara yang secara umum sama dengan perhitungan HF. Beberapa perhitungan, seperti integral elektron ganda diselesaikan dengan cara pendekatan atau sama sekali dihilangkan. Dalam rangka mengoreksi kesalahan perhitungan akibat penghilangan sebagian dari perhitungan HF, metoda ini diparameterisasi dengan cara fitting kurva untuk menghasikan beberapa parameter atau angka agar dapat memberikan kesesuaian dengan data eksperimen. Sisi baik dari perhitungan semiempiris adalah mereka lebih cepat daripada perhitungan ab initio. Sisi buruk dari perhitungan semiempiris adalah hasilnya sangat bergantung pada tersedianya parameter yang sesuai dengan molekul yang dianalisis. Jika molekul yang dikaji mirip dengan molekul yang ada dalam data base yang digunakan dalam metoda parameterisasi, hasilnya akan baik. Jika molekul yang dikaji berbeda secara signifikan dengan molekul yang digunakan dalam metoda parameterisasi, jawabannya mungkin akan sangat berbeda dengan data eksperimen. Perhitungan semiempiris telah sangat sukses dalam menjelaskan masalah di bidang kimia organik yang hanya mengandung beberapa unsur secara ekstensif dan molekul dengan ukuran yang sedang. Namun demikian, metoda semiempiris akan memberikan beberapa kesalahan, khususnya jika harus menjelaskan permasalahan pada kimia anorganik, terutama jika kita bekerja dengan melibatkan unsur-unsur transisi.

  3. MEKANIKA MOLEKULAR

    Jika molekul sangat besar untuk dapat ditinjau dengan metoda semiempiris, masih ada kemungkinan untuk memodelkan kelakuan mereka dengan mengabaikan mekanika kuantum secara penuh. Metoda yang dikenal dengan mekanika molekular menyediakan pernyataan aljabar yang sederhana untuk energi total senyawa, tanpa harus menghitung fungsi gelombang atau kerapatan elektron total. Pernyataan energi mengandung persamaan klasik sederhana, seperti persamaan osilator harmonis untuk menggambarkan energi yang tercakup pada terjadinya uluran, bengkokan dan torsi ikatan, gaya antarmolekul, seperti interaksi van der Waals dan ikatan hidrogen. Semua tetapan dalam persamaan ini harus diperoleh dari data eksperimen atau perhitungan ab initio. Dalam metoda mekanika molekukar, data base senyawa yang digunakan dalam metoda parameterisasi merupakan hal yang krusial berkaitan dengan kesuksesan perhitungan. Himpunan parameter dan fungsi matematika dinamakan medan gaya (Force-Field). Seperti halnya pada metoda semiempiris yang diparameterisasi terhadap satu himpunan molekul organik, metoda mekanika molekular diparameterisasi terhadap golongan yang khas dari molekul seperti kelompok hidrokarbon, alkohol atau protein. Suatu medan gaya tertentu, misalnya protein, hanya akan berjalan baik untuk mendeskripsikan kelompok senyawa protein, tetapi akan menghasilkan data yang jelek jika digunakan untuk menghitung golongan senyawa yang lain. Sisi baik dari mekanika molekular adalah dimungkinkannya melakukan modeling terhadap molekul yang besar seperti halnya protein dan segmen dari DNA, sehingga metoda ini merupakan alat utama perhitungan bagi para biokimiawan. Sisi buruk dari mekanika molekular adalah banyak sifat kimia yang tidak dapat didefinisikan dengan metoda ini, seperti halnya keadaan eksitasi elektronik. Dalam upaya untuk bekerja dengan sistem yang besar dan komplek, sering perangkat lunak mekanika molekular mempunyai kemampuan dan kemudahan untuk menggunakan perangkat lunak grafik. Mekanika molekular terkadang digunakan karena kemudahannya dalam menggambarkan sistem, tetapi tidak perlu merupakan cara terbaik untuk menerangkan sebuah sistem molekul.

RUANG LINGKUP KIMIA KOMPUTASI

  1. DINAMIKA MOLEKULAR

    Dinamika molekular mengandung pengujian kelakuan kebergantungan waktu pada molekul, seperti gerakan vibrasional atau gerakan Brownian. Hal ini sering dikerjakan dengan penjelasan mekanika klasik yang hampir sama dengan perhitungan mekanika molekular. Penerapan dinamika molekular pada sistem pelarut/zat terlarut memungkinkan dilakukannya perhitungan sifat sistem seperti koefisien difusi atau fungsi distribusi radial untuk digunakan dalam perhitungan mekanika statistik. Pada umumnya skema perhitungan pelarut/zat terlarut dimulai dengan sistem yang terdiri dari sejumlah molekul dengan posisi dan kecepatan awal. Energi dari posisi yang baru dihitung relatif terhadap posisi sebelumnya untuk perubahan waktu yang kecil dan proses ini beriterasi selama ribuan langkah sedemikian hingga sistem mencapai keseimbangan. Sifat sistem seperti energi, fungsi distribusi radial dan konformasi molekul dalam sistem dapat dianalisis dengan cara pengambilan sampel dari sistem yang telah mencapai keseimbangan. Dalam rangka menganalisi vibrasi molekul tunggal data energi ditransformasikan secara Fourir ke dalam domain frekuensi. Puncak vibrasi yang diberikan dapat dipilih dan ditransformasikan ke dalam domain waktu, sehingga dapat dilihat gerakan seperti apa yang menyebabkan frekuensi vibrasi tersebut. Metoda dinamika molekular merupakan metoda simulasi yang sangat berguna dalam mempelajari sistem melekular seperti molekul organik dalam larutan dan senyawa makromolekul dalam proses metabolisme. Metode ini memungkinkan penggambaran struktur, sifat termodinamika dan sifat dinamis dari sistem pada fasa terkondensasi. Bagian pokok dari metodologi simulasi adalah tersedianya fungsi energi potensial yang akurat untuk memodelkan sifat dari sistem yang dikaji. Fungsi energi potensial dapat disusun melalui metoda mekanika kuantum (Quantum Mechanics, QM) atau mekanika molekular (Molecular Mechanics, MM). Permasalahan yang muncul adalah QM hanya dapat digunakan untuk sistem sederhana dengan beberapa puluh satuan massa -mengingat bahwa perhitungan QM memerlukan waktu yang lama- sedangkan metoda MM tidak cukup teliti.

    Untuk mengatasi permasalahan ini, dikembangkan suatu metoda hibridisasi yang dikenal dengan nama QM/MM, yaitu bagian yang penting dari sistem yang dikaji dihitung dengan metoda QM, sedangkan bagian sistem yang tidak harus dijelaskan secara detail dihitung dengan metoda MM. Metoda QM/MM banyak digunakan dalam simulasi reaksi katalitik enzimatik, proses kimia dalam larutan dan docking suatu protein dalam reseptor.

  2. MEKANIKA STATISTIKA

    Mekanika statistika adalah cara matematika untuk mengekstrapolasi sifat termodinamika dari materi secara keseluruhan (bulk) berpijak pada gambaran molekular dari materi. Banyak mekanika statistik masih dalam tataran metoda kertas dan pensil, karena ahli mekanika kuantum belum dapat menyelesaikan persamaan Schroedinger secara eksak hingga sekarang sehingga ahli mekanika statistik tidak mempunyai titik awal untuk mengembangkan metoda penyelesaiannya. Perhitungan mekanika statistika sering dilakukan pada akhir perhitungan ab initio terhadap sifat fasa gas. Untuk sifat fasa terkondensasi, sering perhitungan dinamika molekular diperlukan dalam rangka melakukan eksperimen komputasi. Salah satu metoda mekanika statistika yang banyak digunakan dalam kimia komputasi adalah Monte Carlo. Dengan metoda Monte Carlo, kita dapat mendapatkan gambaran tentang struktur dan energi dalam keseimbangan, tetapi tidak dapat memberikan gambaran dinamika atau sifat yang bergantung pada waktu.

  3. MODELING KEADAAN PADAT

    Struktur elektronik dari kristal didefinisikan oleh plot struktur pita (band structure plot), yang memberikan energi dari orbital molekul pada setiap titik dalam ruang, yang dikenal dengan nama daerah Bruillion (Bruillion zone). Perhitungan ab initio dan semiempiris menghasilkan energi orbital, sehingga mereka dapat diterapkan pada perhitungan struktur pita. Jika perhitungan energi molekul memerlukan waktu yang lama, maka diperlukan waktu yang jauh lebih besar untuk menghitung energi setiap titik dalam daerah Bruillion. Perhitungan struktur pita telah dilakukan untuk sistem yang sangat komplek, namun demikian perangkat lunak belum cukup secara otomatis dan belum terlampau cepat untuk menyelesaiakan kasus-kasus struktur pita.

  4. TERMODINAMIKA

    Termodinamika adalah satu dari sekian banyak penjelasan kimia matematis yang telah dibangun. Sering kali perlakuan termodinamika didapatkan dengan kerja kertas dan pensil karena banyak aspek kimia dapat dijelaskan secara akurat dengan pernyataan matematika yang sederhana. Perhitungan kimia komputasi akan dapat membantu penyelesaian penghitungan besaran termodinamika, terutama akan sangat berguna jika kita berhadapan dengan molekul-molekul yang besar.

  5. HUBUNGAN STRUKTUR DAN SIFAT

    Hubungan struktur dan sifat adalah pendifinisian empiris kualitatif atau kuantitatif antara struktur molekul dengan sifat yang teramati. Dalam beberapa kasus, ini merupakan duplikat dari hasil mekanika statistika. Hubungan struktur dan sifat yang dikaji belakangan ini selalu merupakan hubungan matematika secara kuantitatif. Hubungan sering sekali diturunkan dengan menggunakan perangkat lunak fitting kurva untuk mendapatkan kombinasi linear sifat-sifat molekular, yang dapat memprediksi sifat-sifat yang dimaksud. Sifat molekular biasanya didapatkan dari perhitungan model molekular. Penggambaran molekular yang lain seperti massa molekul atau gambaran topologi, juga digunakan. Jika sifat digambarkan sebagai sifat fisika, seperti titik didih, hal ini dikenal dengan hubungan Struktur dan Sifat secara Kuantitatif (Quantitative Structure-Property Relationship, QSPR). Jika sifat digambarkan sebagai aktivitas biologis –misalnya aktivitas obat- maka dikenal sebagai hubungan kuantitatif antara Struktur dan aktivitas (Quantitative Structure-Aktivity Relationship, QSAR). Salah satu penerapan kimia komputasi dalam bidang farmasi adalah pada desain obat. Desain obat adalah proses iterasi yang dimulai dengan penentuan senyawa yang menunjukkan sifat biologi yang penting dan diakhiri dengan langkah optimasi, baik dari profil aktivitas maupun sintesis senyawa kimia. Tanpa pengetahuan yang lengkap tentang proses biokimia yang bertanggungjawab terhadap aktivitas biologis, hipotesis desain obat pada umumnya didasarkan pada pengujian kemiripan struktural dan pembedaan antara molekul aktif dan tak aktif. Kombinasi antara strategi untuk mensintesis dan uji aktivitasnya dapat menjadi sangat rumit dan memerlukan waktu yang lama untuk sampai pada pemanfaatan obat. Untuk itu dikembangkan pendekatan teoritis yang dapat menghitung secara kuantitatif tentang hubungan antara aktivitas biologis terhadap perubahan struktur senyawa yang dikenal dengan istilah QSAR Perkembangan lanjut dari QSAR adalah QSAR tiga dimensi, CoMFA (Comparative Molecular Field Analysis). Dalam metoda CoMFA, efek sterik, elektrostatik, luas permukaan dari molekul dihubungkan pada deskripsi molekular spesifik (substituen).

  6. PERHITUNGAN SIMBOLIK

    Perhitungan simbolik dikerjakan jika sistem sangat besar untuk digambarkan sebagai atom per atom sesuai dengan tingkat pendekatan yang ditetapkan. Sebagai contoh adalah pemodelan membran sel dengan menggunakan struktur lemak secara individual sebagai pengganti poligon dengan beberapa persamaan matematik yang mewakili energi interaksinya. Perlakuan simbolik banyak digunakan pada komputasi bidang biokimia dan mikrobiologi.

  7. INTELEGENSI ARTIFISIAL

    Teknik yang diciptakan oleh ahli komputer yang tertarik dalam intelegensi artifisial telah diterapkan pada kebanyakan kegiatan perancangan obat pada tahun belakangan ini. Metoda ini juga dikenal dengan nama de Novo atau rancangan obat rasional (rational drug design). Skenario umumnya adalah beberapa sisi fungsional diidentifikasi dan dilanjutkan dengan melihat struktur molekular yang akan berinteraksi dengan sisi tersebut agar dapat menentukan fungsi atau aktivitasnya. Berbeda dengan yang dilakukan oleh ahli kimia dengan mencoba ratusan bahkan ribuan kemungkinan dengan program mekanika molekular. Dalam metoda ini hasil mekanika molekular diintegrasikan ke dalam program intelegensi artifisial yang mencoba sejumlah kecil kemungkinan yang beralasan secara otomatis. Sejumlah teknik untuk mengambarkan bagian “intelegen” dari operasi ini sangatlah luas dan tidak mungkin untuk membuat generalisasi bagaimana implementasi dari program ini.

BAGAIMANA MELAKUKAN PROYEK PENELITIAN DI BIDANG KIMIA KOMPUTASI ?

Jika menggunakan kimia komputasi untuk menjawab suatu permasalahan kimia, hal yang tak terhindarkan adalah mempelajari bagaimana menggunakan perangkat lunak. Masalah yang tersembunyi dari aktivitas ini adalah kita memerlukan pengetahuan tentang seberapa baik jawaban yang akan kita dapat. Beberapa daftar pertanyaan yang dapat dibuat antara lain : Apa yang ingin kita diketahui dan Bagaimana keakuratan perhitungannya ? Jika kita tidak dapat menjawab pertanyaan tersebut, kita tidak akan mendapatkan proyek penelitian. Seberapa akurat akan dapat kita prediksi hasilnya ? Dalam kimia analitik, kita dapat mengerjakan sejumlah pengukuran yang identik kemudian dicari standar deviasi untuk mengukur keakuratannya. Dengan eksperimen komputasi, melakukan perhitungan untuk hal yang sama dengan metoda yang sama akan selalu memberikan hasil yang secara eksak sama. Cara yang dapat dilakukan untuk mengukur keakuratan hasil adalah memperkirakan kesalahan perhitungan dengan membandingkan sejumlah perhitungan serupa dengan data eksperimen, sehingga harus tersedia artikel dan kompilasi data yang berkaitan dengan penelitian. Jika data eksperimen tidak ada, kita harus mempunyai metoda yang reasonable -berdasar pada asumsi sesuai dengan pengetahuan kita- sebelum kita menerapkan pada masalah yang akan kita kaji dan melakukan analisa tentang ketelitian hasil yang akan kita peroleh. Jika seseorang hanya memberitahukan bahwa metodanya adalah metoda yang paling baik, kemungkinannya adalah mereka mempunyai sejumlah informasi tersimpan yang banyak, atau mereka tidak tahu apa yang mereka bicarakan. Berhati-hati jika seseorang memberi tahu bahwa suatu program sangat baik hanya karena itu satusatunya program yang mereka tahu bagaimana menggunakannya, bukan berdasar pada jawaban atas kualitas dari program tersebut dalam menghasilkan data. Seberapa lama kita harapkan perhitungan akan selesai ? Jika pengetahuan kita sempurna, kita akan memberitahu kepada komputer pribadi untuk memberikan kita penyelesaian eksak persamaan Schroedinger.

Namun demikian sering perhitungan ab initio akan memerlukan waktu yang lama dan mungkin akan memerlukan satu dekade untuk perhitungan tunggal, walaupun kita mempunyai mesin dengan memori dan ruang simpan yang cukup. Sejumlah metoda tersedia untuk setiap situasi yang kita dihadapi. Cara yang terbaik adalah memilih metoda yang sesuai dengan masalah yang akan kita teliti. Dengan demikian langkah yang harus diambil adalah melihat di kepustakaan dan mempertimbangkan berapa lama waktu yang diperlukan. Pendekatan apa yang harus dibuat ? Apakah pendekatan yang digunakan dalam perhitungan sudah signifikan dengan masalah yang dikaji ? Ini menyangkut bagaimana cara kita mengatasi permasalahan yang kita hadapi, jangan sampai kita menghasilkan perhitungan yang bersifat “sampah”. Sebagai contoh, untuk meneliti gerakan vibrasioal yang bersifat takharmonik tidak mungkin diperoleh dari perhitungan dengan pendekatan osilator harmonik. Jika kita dapat jawaban akhir dari semua pertanyaan di atas, kita sekarang siap untuk melakukan perhitungan. Sekarang kita harus menentukan perangkat lunak yang ada, berapa harganya dan bagaimana cara menggunakannya. Perlu dicatat bahwa, dua program yang sejenis mungkin akan menghitung sifat yang berbeda, sehingga kita harus meyakinkan diri mengenai program apa yang diperlukan. Jika kita belajar bagaimana menggunakan sebuah program, kita mungkin akan mengerjakan banyak perhitungan yang salah hanya karena kesalahan data masukan. Untuk itu jangan melakukan perhitungan dengan molekul proyek kita, lakukan percobaan penghitungan yang sangat mudah, misalnya dengan menggunakan molekul air. Dengan demikian kita tidak perlu membuang waktu yang banyak untuk berinteraksi dengan perangkat lunak yang akan kita gunakan.

DAFTAR PUSTAKA

  1. Foresman J. B., Frisch A., 1996, Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods, edisi 1, Gaussian, Inc., Pittsburgh, USA.
  2. Zeikinski T. J., Swift M. L., 1996, What Every Chemist Should Know About Computers II, Chem. Educ., 2, 3, 12. 13
  3. Jensen F., 1999, Introduction to Computational Chemistry, John Wiley and Sons, New York, USA.
  4. Leach A. R., 1996, Molecular Modeling: Principles and Applications, Longman, Singapore.
  5. Hansch C., Hoeckman D., Gao H., 1996, Comparative QSAR : Toward A Deeper Understanding of Chemicobiological Interaction, Chem. Rev., 96, 3, 1045.
  6. Grag R., Gupta S. P., Gao H., Babu M. S., Depnath A. K., Hansch C., 1999, Comparative QSAR : Studies on Anti HIV Drugs, Chem. Rev, 99, 3225.

Sumber : Blog Fahmi Mohammad Taufiq, 21 Maret 2014

» kirim ke teman
» versi cetak
» berbagi ke Facebook
» berbagi ke Twitter
» markah halaman ini
revisi terakhir : 19 April 2014

 

PERHATIAN : komput@si berusaha memberikan informasi seakurat mungkin, namun tidak bisa menjamin tidak terjadi kesalahan baik disengaja maupun tidak. Segala akibat dari pemakaian sarana ini merupakan tanggung-jawab pemakai !
- sejak 1 Maret 2004 -
  Dikelola oleh TGJ LIPI Hak Cipta © 2000-2017 LIPI